Bộ trưởng có những có quyền hạn sau:

• Những công việc thuộc thẩm quyền được quy định trong Hiến pháp, Luật pháp và các nhiệm vụ được Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ giao;
• Giải quyết theo thẩm quyền và chịu trách nhiệm về quyết định đến những vấn đề thuộc phạm vi trách nhiệm và thẩm quyền quản lý nhà nước;
• Trình Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ giải quyết các công việc thuộc thẩm quyền của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ;
• Tham gia ý kiến với các Bộ, ngành, địa phương để giải quyết các vấn đề thuộc thẩm quyền của cơ quan đó, nhưng có liên quan đến chức năng, ngành, lĩnh vực thuộc Bộ Giáo dục và Đào tạo quản lý;
• Trực tiếp giải quyết một số việc đã giao cho Thứ trưởng;
• Bổ nhiệm, miễn nhiệm Hiệu trưởng, Phó Hiệu trưởng các trường Đại học trực thuộc Bộ Giáo dục và Đào tạo;
• Khi vắng mặt và nếu thấy cần thiết, Bộ trưởng ủy nhiệm một Thứ trưởng lãnh đạo công tác, giải quyết công việc của Bộ;